Ni bu ei lafur diarbed yn yr Athrofa, ac allan o honi, y blynyddau hyn, heb ddwyn eu heffeithiau anocheladwy ar gyfansoddiad mor egwan. Bu fwy nag unwaith yn "glaf, ac agos i angeu." Ar ol ei daith bregethwrol gyntaf o Aberhonddu, bu am amser maith yn ei wely yn ysglyfaeth i'r dwymyn gïeuol (nervous fever), a bu am wythnosau lawer heb allu gwneyd dim a ddygai unrhyw gynaliaeth iddo. Yn nechreu 1845, pan yr oedd ei yrfa Athrofaol yn agos i'w therfyn, bu am amser meithach drachefn yn dyoddef gan yr un clefyd; ac nis gallodd ddychwelyd mwy at ei efrydiau yn yr Athrofa. Yr achos o'r ymosodiad llym hwn oedd cerdded 20 milldir, o Aberhonddu i Lanymddyfri, i bregethu y Sabboth, "am nad oedd genyf fodd i dalu Ꭹ coach. Yr oeddwn bron a marw cyn cyrhaedd yno, a phwyswn ar bob gate a chamfa a gyfarfyddwn, gan wylofain yn ing fy enaid,
'O for a respite, however brief,
From these soul—withering pains!"
Mawrth 13eg, tua thair wythnos wedi dechreuad ei afiechyd, cawn y cofnod duwiolfrydig hwn: "Dyma y diwrnod cyntaf i mi fod allan o fy ngwely. Yr ydwyf eto yn wan iawn, ac heb allu cymeryd dim lluniaeth. Y mae fy ngwyneb llwyd yn llwytach nag arferol, a fy mysedd meinion yn feinach nag o'r blaen. Y mae fy nillad yn hongian am danaf, Mae pobpeth yn ymddangos yn fy erbyn; eto diau eu bod wedi eu hanfon i ryw ddyben da. Y mae yr ergyd yn lem; ond y mae ganddi lais ataf, yn peri i mi ddal fy nghysuron daearol â llaw grynedig, rhag, wrth ddal gafael rhy dỳn ynddynt, y cipir hwynt oddiarnaf. Y mae y Bôd mawr sydd wedi cyhoeddi ei hun yn Dduw eiddigus, wedi fy ysgwyd uwchben y bedd, ac yn dyweyd wrthyf mor hawdd y gall Efe beri i fy holl obeithion a'm rhagolygon daearol ddiflanu. Efe sydd yn teyrnasu; ac y mae Efe yn rhy ddoeth i gamgymeryd, ac yn rhy dda i fod yn angharedig. Iddo Ef yr ydwyf yn cyflwyno fy hun. Yr wyf yn gobeithio cael byw, ac yn ymdawelu i farw, pryd bynag yr enfyn fy Meistr ei wys." Pan yn gwella o'r ymosodiad hwn y cyfansoddodd "Y Claf," y cyntaf o'i bump "Cathlau Blinder," a geir yn tu dal. 47 o'i Weithiau Barddonol.
Tua diwedd yr un mis, pan eto mewn gwendid mawr, derbyniodd alwad oddiwrth eglwys Saron, Tredegar, ac o'i wely yr ysgrifenodd ei atebiad cadarnhaol iddi. "Fe allai fod arnaf angen am ychydig wythnosau o gystudd," medd efe yn ei Fywgofiant, "i fy mharotoi at Dredegar. Bydd eisieu amynedd yno, a'r Nefoedd a ŵyr pa. ysgol yw yr oreu i'w ddysgu. Bydded i obaith gyfeirio fy llwybr cymylog!" Wedi derbyn ei atebiad cadarnhaol, anfonodd eglwys Saron iddo anrheg o £5, fel arwydd o'i chydymdeimlad âg ef, a'i hymlyniad wrtho." "Yr ydwyf wedi ymgefnogi yn fawr trwy garedigrwydd y bobl dda yn Saron. Y mae hyn yn garedig iawn ynddynt, ac yn profi fod i mi gyfeillion cywir yno. Penderfynasent ar wneyd £2 i mi tra yr oedd eto yn ansicr a ddeuwn yno ai peidio.
