Yr oedd yn ymlawenhau yn mhresennoldeb a gras ei Gwaredwr, ac yn teimlo yn gryf, pan oedd y byd yn suddo tani, wrth bwyso ar y pethau dianwadal. Ychydig cyn marw dywedodd,–" Nid oes genyf fi ddim gwerth, fy anwyl blant, o eiddo bydol i'w gadael ar fy ol i chwi, ond y mae yr Arglwydd yn caniatau i mi fy hyfdra i wneuthur fy ewyllys diweddaf ar drysorau y cyfammod gras, a gadael tangnefedd Duw yr hwn sydd uwchlaw pob deall, yn gynnysgacth i bob un o honoch." Ac felly bu farw yn fuddugoliaethus Ionawr 10, 1846, yn tair a phedwar ugain mlwydd oed.
Dyma ryw olygiad i'r darllenydd ar rieni y Parch. John Jones; ac y mae yn sicr genym, oddiwrth y crybwylliadau anmherffaith hyn, y cytuna â ni ei fod wedi ei fendithio yn annhraethol ynddynt. Yr oedd efe felly i raddau annghyffredinol yn ei dad a'i fam. Mae yn wir i'w dad gael ei gymmeryd oddiarno pan nad oedd efe ond ieuanc iawn, eto yr oedd yn ei gofio yn dda, yn coleddu meddyliau uchel iawn am dano, ac fe ysgrifenodd Gofiant lled helaeth iddo, yr hwn, pe buasai ar gael, fuasai yn llawer o gymhorth i ni, yn ddiammeu, i wneyd i fynu ei hanes boreuol ef ei hunan. Ond yr ydym yn tueddu yn hytrach i dybied ei fod ef, fel lliaws o enwogion ereill, yn fwy dyledus i'w fam nag i'w dad, am yr hyn yn arbenig a'i cyfododd i'r bri sydd iddo yn meddwl ei genedl, ac i'r dylanwad mawr a daionus a feddiannai arni. Hi, ni a dybygem, oedd yn berchen y meddwl cryfaf a mwyaf gwreiddiol, ac, fe allai, hefyd y doniau rhwyddaf i osod y meddwl hwnw allan. Eithr nid ydyw hyn ond ein tybiaeth ni. Yr oeddem yn ei hadwaen hi yn dda, yn ei blynyddoedd diweddaf, tra yr oedd efe wedi ymadael â'r byd flynyddoedd cyn i ni ddyfod iddo. Ond y mae yn anhawdd genym gredu na buasai dyn o nerth meddyliol ac o ddoniau cyfatebol i'r eiddo hi, wedi dyfod yn adnabyddus, yn ei gysylltiad â chrefydd, nid yn unig yn Nolyddelen ond trwy holl Gymru. Ac eto y mae cofio am Richard ei mab yn awgrymu i ni nas gallwn fod yn rhy hyderus yn y fath dybiaeth.
I'r rhieni hyn fe anwyd naw o blant, pedwar o feibion a phump o ferched. Y Parchedig John Jones oedd eu pedwerydd plentyn a'u mab hynaf. Ei chwiorydd oeddent, Margaret, ei chwaer hynaf, yr hon a ymfudodd gyda'i theulu i'r America, ac a fu farw pan newydd gyrhaedd i Wisconsin; Catharine, yr hon hefyd a fu farw yn Wisconsin; Mary, yr hon sydd eto yn fyw yn Wisconsin; Gwen, oedd yn
