Mehefin 9, 1803. Yn Chwefror y flwyddyn wedyn bu John Thomas, y tad, farw. Yr oedd y fam wedi marw er Ionawr 1794: Hydref 10, 1804, priododd Ann Thomas a Thomas Griffiths o Feifod, a daeth y gwr ieuanc i Ddolwar i fyw. Yr oedd yn briodas hynod o hapus, ond berr iawn fu ei pharhad. Ganwyd merch fechan iddynt ymhen y deng mis, a bu'r fechan farw yn bythefnos oed; a bu'r fam ieuanc farw hefyd, yn union ar ei hol, yn naw ar hugain oed. Claddwyd hi ym mynwent Llanfihangel yng Ngwynfa, Awst 12, 1805.
Argraffwyd rhai o'i hemynnau gan Charles o'r Bala yn 1806; ac eraill, a'i llythyrau, o dro i dro gan y Parch. John Hughes, Pont Robert. Ond nid fel y cyfansoddodd hi yr hymnau, nac fel yr ysgrifennodd hi y llythyrau, yr argraffwyd hwy. Un llythyr yn llawysgrif Ann Griffiths sydd ar gael, rhoddwyd ef i Goleg Prifysgol Cymru gan y diweddar John Jones o Lanfyllin, wyr i chwaer hynaf Ann Griffiths. Ar ddiwedd hwnnw y mae un pennill wyth linell,—
"Er mai cwbl groes i natur."
Y mae John Hughes wedi gadael dau lyfr lawysgrif, yn awr ym meddiant y Parch. Edward Griffiths, Meifod. Ysgrifennwyd y rhan fwyaf ohonynt rhwng 1800 ac 1805. Cynhwysant emynnau, llythyrau, a chofnodion cyfarfodydd crefyddol. Y mae bron yr oll o emynnau Ann Griffiths yn y llyfrau hyn. Yn eu mysg y mae'r emyn "Er mai cwbl groes i natur", ac y mae yma, nid fel y ceir ef yn argraffiad Charles o'r Bala, ond fel y ceir ef yn llawysgrif Ann Griffiths. y peth tebycaf yw fod John Hughes wedi cael yr
