Drwyn yr hwylfa Penmaenmawr, a benodwyd gyntaf fel arolygwr, ac efe yn gyntaf a roes drefn ar gadw cyfrifon yn yr Ysgol.
Bu'r Parch. W. Lloyd, B.A., ar ol hynny o Gaernarvon, yn cadw ysgol ddyddiol yma am ran o'r blynyddoedd 1815-16; a bu Richard Jones (Wern) yma am ran o'r blynyddoedd 1817-18; ond ni chafwyd dim adgofion o'r lle am y naill na'r llall.
Ar ol adeiladu Capel Seion yn 1826, fe ddaeth Brynaerau, Seion a Chapel Uchaf yn daith. Pan adeiladwyd Ebenezer yn 1843, fe gysylltwyd Brynaerau â Bwlan. Parhaodd y cysylltiad hwn. hyd 1876. Pan fynnodd eglwys Bwlan o'r diwedd fyned arni ei hun, fe gysylltwyd Brynaerau âg Ebenezer, Ebenezer yn cael oedfa'r bore a Brynaerau y pnawn a'r hwyr. Er i'r cysylltiad hwn barhau hyd 1888, ni foddlonid Brynaerau arno, ac yna fe gysylltwyd Brynaerau â Chapel Uchaf, ac aeth Ebenezer a Seion yn daith.
Cerid yr achos ymlaen am liaws o flynyddoedd yn effeithiol gan y tri hen flaenor. John Thomas a flaenorai ar y ddau flaenor arall. Yr oedd y ddau arall, er hynny, yn wyr o ddylanwad; ac yr oedd ar anuwiolion yr ardal ofn bob un ohonynt. Yr oedd John Thomas yn gryfach a garwach, yn fwy o deyrn yn ei ffordd, ac yn halltach wrth geryddu ac argyhoeddi. Yr oedd rhyw elfen ym Methodistiaid yr amser hwnnw yn amlwg iawn ynddo ef. Ysgythru'r ceinciau ymaith oedd gorchwyl Sion Thomas; a cheinciau'r pregethwyr ieuainc fyddai'r ciw pi, cadwen ar y fron, esgidiau yn gwichian, a marchogaeth ceffyl. Nid ychydig o'i ofn oedd ar bregethwyr ieuainc y cyfnod hwnnw. Eithr yr oedd ffordd gydag yntau. Yr oedd marchogaeth yn ddull nid anghynefin o deithio gan bregethwyr y pryd hwnnw, gan bellter y capelau yn yr un daith oddiwrth eu gilydd, a chan brinder cyfleusterau teithio. Nid oedd unrhyw ystyriaeth o'r fath yma yn menu dim ar John Thomas yn ei wrthwynebiad i'r fath arfer. Deuai Robert Ellis (Ysgoldy), y pryd hwnnw yn ddyn go ieuanc, ar gefn ei geffyl ryw Sul, a phwy welai yn y ffordd o'i flaen ond Sion Thomas. Dywedai Robert Ellis wedyn, pe buasai yno groesffordd yn y fan, y cymerasai hi; ond nid oedd dim i'w wneud ond marchogaeth ymlaen. Cyn. cyrraedd yr hen flaenor, dyma ddrychfeddwl dedwydd yn fflachio i mewn i benglog y pregethwr ieuanc, a galwai ar John Thomas i farchogaeth yn ei le. Llyncodd Sion Thomas yr abwyd a'r bach
