Ymhen ychydig ar ol y Diwygiad Mawr yn 1859, 1860, teimlid angen am gapel newydd. Cafwyd addewid am dir ar etifeddiaeth yr Ynys, yr hwn oedd yn front y pentref, yn lle bod yn ei gefn, megis yr oedd yr hen gapel. Ond y mae gair o eglurhad ar safle y capel presenol yn angenrheidiol. Nid trwy fodd ond trwy anfodd y cyfeillion yn Aberdyfi y bu raid cael y grisiau hirion a serth sydd yn arwain i fyny i'w haddoldy. Wedi cael addewid am y tir yn y front, ac hefyd yn y lle mwyaf cyfleus a dymunol, dylanwadwyd ar agent ac etifedd yr Ynys gan Eglwyswyr gor-zelog, i rwystro y Methodistiaid i adeiladu eu capel yn gydwastad â thai y brif heol. Mewn canlyniad i byn, er gwneuthur pob cais oedd yn bosibl i gael adeiladu ar y gwaelod, bu raid gwthio y capel i'r back ground, ac adeiladu rhes o risiau blinion i hen a methedig i ddringo i fyny i gysegr yr Arglwydd, a thalu ardreth uchel heblaw hyny. Aeth y draul i adeiladu oddeutu 1400p., ac yr oedd y ground rent yn 16p. y flwyddyn. Prynwyd y lle yn rhydd-feddiant yn 1876 am 264p. Aed i dreuliadau eraill o tua 700p. Agorwyd y capel yn y flwyddyn 1864. Y gweinidogion fu yn gwasanaethu yn ei agoriad oeddynt, y Parchn. O. Thomas, Llundain, D. Charles, E. Morgan, Dyffryn, a D. Davies, Abermaw. Gorphenwyd clirio yr holl ddyled erbyn Chwefror 1882, pryd y cynhaliwyd Cyfarfod Misol, yr hwn oedd yn gyfarfod jiwbili, ac ynddo y cyhoeddwyd y capel yn hollol ddiddyled.
Bu amryw weinidogion mewn cysylltiad gweinidogaethol â'r eglwys Y Parch. W. James, B.A., o 1863 i 1866; y Parch. Francis Jones o 1866 i 1874. Bu y Parch. D. Charles, D.D., yn byw yma hefyd o 1875 i 1879. Nid oedd ef mewn cysylltiad gweinidogaethol â'r eglwys, ond gweithiodd yn egniol gyda phob rhan o'r achos, yn enwedig gyda'r plant. Yr oedd wedi llwyddo i dynu torf o blant ynghyd, i'w dysgu yn y cyfarfodydd wythnosol, ac yn y Band of Hope, ac yr oedd wedi enill eu serch yn rhyfeddol. Yr oedd ef yn wr dysgedig, duwiol, a sanctaidd, ac yn byw ar ddiwedd ei oes mewn cymundeb agos
