ynghyda rhoi gofal y ddwy eglwys ar y bugail newydd. Oedi son am gapel wnawd, pa ddelw bynnag, hyd nes symbylwyd y meddwl am gapel newydd gan gymun-rodd William Jones Penrhiw i'r amcan, sef £400, ar yr amod fod y capel yn rhywle ar y ffordd fawr o Ysgoldy Croesywaen hyd Benbryn caeglas, a'i fod i gael cychwyn ei adeiladu o fewn chwe mis. Y Waen yn erbyn capel yng Nghroesywaen, ac eisieu iddo fod yn Nhŷ'n cae. Ystyrrid Croesywaen yn rhy agos i'r hen gapel, sef pen arall y pentref, ac ychydig gyda hanner milltir yn nes i Gaernarvon. Penodwyd gan y Cyfarfod Misol i ystyried y mater, y Parchn. Evan Jones, William Rowlands, John Owen Jones a'r Dr. Roberts Penygroes. Cyfarfu'r brodyr hyn frodyr o'r lle, Awst 10, 1885. Dyfarnwyd o blaid Croesywaen. Y fam-eglwys yn ffromi ac yn gwrthod cynysgaeth i'r ferch.
Penderfynu gweithio ymlaen. Cynlluniodd R. Lloyd Jones ei gapel cyntaf. Prynwyd y tir, sef 30 llath wrth 29 am £88 19s. 6ch. Ymgymerwyd â'r gwaith gan y Mri. Lewis a Williams (Llangaffo, Môn), am £1140. Arwyddo'r cytundeb, Hydref 5. Dodi'r sylfaen i lawr, Hydref 7. Er dod i fyny â thelerau'r llythyr-cymun, llwyddwyd i'w dorri drwy gyfraith. Brwdfrydedd yn ennyn fwy nag erioed. Cwblhau'r gwaith cyn diwedd 1886. Lle yn y capel i 400. Arwyddo'r weithred, Tachwedd 1886. Yr ymddiriedolwyr: T. Jones, Morgan Jones, John Roberts, William Jones, W. Williams, T. Hughes, (Dr.) Hughes. Yr holl draul, gan gynnwys y tir a dodrefnu'r capel, £1380.
Ffarwelio â'r fam-eglwys, nos Iau, Rhagfyr 2, 1886. Agor y capel, Rhagfyr 12, pryd y pregethodd W. Ryle Davies, y bore oddiar II. Cronicl v. 6, a Nehemia iv. 19, 20, a'r hwyr oddiar Hosea xiv. 5. Nos Iau, Rhagfyr 16, sefydlu'r eglwys. Cenhadon y Cyfarfod Misol, y Parchn. Evan Roberts Engedi a T. Gwynedd Roberts, ac Owen Roberts (Engedi). Rhif yr aelodau yn bresennol ar y pryd, 110. Daeth 122 o aelodau y Waen yma. Rhif erbyn diwedd y flwyddyn, 130. Y ddyled erbyn diwedd y flwyddyn £1175. Yn ddilog, 498. Daeth dau o flaenoriaid y Waen yma i gymeryd gofal yr eglwys, sef Morgan Jones Pant a T. Jones yr ysgolfeistr. Fe fu'r achos dan eu harweiniad hwy hyd Chwefror 1887, pryd y dewiswyd atynt, Dr. Hughes a Richard Griffith Bodhyfryd.