James, (y gwr a ddychwelwyd dan bregeth Mr. Jenkin Jones mae yn debygol), eu trwyddedu at gynal addoliad gan yr Annibynwyr Awst 10fed, 1672, ond nid oes son am Gelligrug na John Ap John o gwbl yn y rhestr hono, ac nid oes yno chwaith un crybwylliad fod unrhyw le yn y plwyf wedi cael ei drwyddedu gan y Bedyddwyr. Mae yn rhaid gan hyny mai ar ol 1672 y daeth y "dyn unllygeidiog" o Ferthyr Tydfil yno i beri ymraniad.
Yr ydym yn cael ein gogwydd i farnu mai yn amser y Werin-lywodraeth, a thrachefn ar ol cael nawdd Deddf y Goddefiad y cynelid yr addoliad yn Gelligrug, ac iddo gael ei symud oddi yno yn amser yr erlidigaeth rhwng 1662 a 1688, o herwydd ryw resymau anhysbys i ni. Cyn myned yn mhellach, rhoddwn gymaint o hanes y gwr nodedig John Ap John ag a allwn gasglu o lyfr Mr. Edmund Jones; ni welsom unrhyw grybwylliad am ei enw mewn un llyfr na llawysgrif arall. A ganlyn yw sylwedd yr hyn a gofnoda Edmund Jones am dano: Ganwyd ef yn Nghwmnant-y-llan, yn mhlwyf Llanhiddel, ond ni ddywedir wrthym pa flwyddyn. Ar ddechreu y rhyfel cartrefol aeth yn filwr i fyddin y Senedd, lle yr arhosodd hyd y flwyddyn 1646, pryd y dychwelodd i'w ardal enedigol, ac yr aeth i breswylio i Gelligrug. Gellir casglu oddiwrth adroddiad Edmund Jones ei fod yn grefyddol cyn ymuno a'r fyddin, ond ei fod wedi syrthio i fesur o wrthgiliad ysbryd, nes iddo ddygwydd myned i dy gweinidog Ymneillduol yn Kent neu Essex, yr hwn a bregethai yn ei dŷ i nifer fechan o bobl. Gofynodd John Ap John iddo pa ddyben oedd iddo bregethu i cyn lleied a hyny o bobl; atebodd yntau yn ngeiriau y proffwyd Habacuc, "Y gareg a lefa o'r mur a'r trawst a'i hetyb o'r gwaith coed, ac a dystiant yn erbyn y rhai ni wrandawant y gair, neu a'i gwrandawant heb ufuddhau iddo." Darfu i'r ateb hwn yn nghyd a'r bregeth a wrandawsai, fod yn foddion i adfywio teimladau crefyddol yn enaid y milwr Cymreig, ac o hyny allan hyd ddiwedd ei oes bu yn ddyn nodedig am ei dduwioldeb a'i ddefnyddioldeb. Cyn ymadael a'r fyddin priododd ag un Mary Pit, yn sir Gaerloew. Ar ol ymsefydlu yn Gelligrug, dechreuodd arfer ei ddoniau fel cynghorwr neu bregethwr achlysurol, a gwahoddai bawb a allai gael i'w dy i bregethu. Yr oedd yn ei ymarweddiad, ac yn ei ymddangosiad corfforol, yn hollol Buritanaidd; gwisgai ei farf yn hir fel y gwnelent hwythau, ac yn ei henaint yr oedd yr olwg arno yn nodedig o urddasol a phatriarchaidd. Yr oedd yn ddyn hynod o fwyn, tosturiol, a charedig, a phawb o'i gydnabod yn eu barchu, ac yn ei ystyried yn ddyn nodedig o dduwiol. Ychydig cyn ei farw symudodd i Gelligrug i drefdadaeth ei frawd henaf Rees Ap John, hwn hefyd oedd yn ddyn duwiol iawn. Bu farw John Ap John mewn oedran teg, yn dra disymwth a diboen, fel yr ymddengys. Un diwrnod yn amser y cynhauaf gwair daeth i'r tŷ at ei ferch, a chyn myned i'r llofft, i orphwys ychydig ar y gwely ganol dydd, fel yr arferai wneyd, dywedodd wrthi, "Fydda i ddim yn hir gyda chwi." Yna gorweddodd ar y gwely. Pan heb ei weled yn dyfod i lawr yn yr amser arferol, aeth un o'r teulu i'r llofft i edrych am dano, a chafodd ef yn farw ar y gwely, heb un arwydd ei fod wedi bod mewn unrhyw boenau wrth ymadael a'r corff. Yn anffodus ni ddarfu i Edmund Jones roddi amser ei farwolaeth, ond yr ydym yn casglu iddo farw yn agos i'r un amser a Mr. Watkin Jones, sef tua y flwyddyn 1693. Bu hiliogaeth y dyn da hwn am genedlaethau yn ddynion crefyddol iawn, ac o bosibl eu bod yn parhau felly hyd etto.
Ni fu un eglwys Annibynol erioed yn y plwyf hwn hyd 1764, pryd y
