Waters, ac i fod yn eiddo i'r enwad Annibynol dros byth. Dyddiad y weithred yw Tachwedd 1818, ac ar y 12fed o'r mis hwnw yr agorwyd y capel newydd, yr hwn a gostiodd 200p. Gweinyddwyd ar yr agoriad gan Mr. Thomas, Penmain; Mr. Jones, Llanharan; Dr. Lewis, Casnewydd; Mr. Jones, Pontypool; Mr. Lewis, Aber; a Mr. Evans, Ynysgau. Bu Mr. Davies yn llafurio yma gyda derbyniad a mesur helaeth o lwyddiant hyd ei farwolaeth yn Awst 1840.
Yn 1841, rhoddwyd galwad i Mr. Methusalem Davies, yr hwn oedd wedi bod yn weinidog mewn amryw fanau cyn dyfod yma, megys Llechryd, Abergwili, Ceri, Maldwyn, &c. Ni bu ef yma fawr dros flwyddyn cyn i ryw annghydfod gyfodi yn yr eglwys. Ymadawodd ef a nifer o'r aelodau, ac adeiladasant gapel o'r enw Elim yn y gymydogaeth. Ni fu Mr. Davies hir yno drachefn, cyn iddo gael ar ei feddwl i droi at y Bedyddwyr. Wedi i'r eglwys yn Mhenywaun, ar ol ymadawiad Mr. Davies, fod yn agos i dair blynedd heb un gweinidog, yn niwedd y flwyddyn 1845, rhoddasant alwad unfrydol i Mr. John M. Bowen, gwr ieuangc genedigol o ardal Gwynfau, sir Gaerfyrddin, a'r hwn oedd ar y pryd hwnw yn fyfyriwr yn ysgol Mr. Powell, o Hanover. Urddwyd ef Mawrth 11eg a'r 12fed, 1846, pryd y gweinyddwyd gan y Meistriaid Jones, Sirhowy; Rowlands a Daniel, Pontypool; Powell, Hanover; Griffiths, Blaenafon; Ellis, Mynyddislwyn; Mathews, Casnewydd, ac eraill. Rhif yr aelodau pan urddwyd Mr. Bowen, oedd 24. Bu yma yn llafurio gyda mesur helaeth o lwyddiant am bedair blynedd. Rhif yr aelodau pan yr ymadawodd oedd 68. Yn 1850, symudodd Mr. Bowen o Benywaun i Benydarren, Merthyr Tydfil, lle y mae yn bresenol.
Oddiar ymadawiad Mr. Bowen yn 1850, hyd 1867, bu yr eglwys heb un gweinidog sefydlog. Yn 1867, rhoddwyd galwad i Mr. David Morgan, myfyriwr o goleg Aberhonddu, ac urddwyd ef ar y 4ydd a'r 5ed o Fedi, y flwyddyn hono. Gweinyddwyd yn yr urddiad gan y Meistriaid Thomas, Ystradfellte; Williams a Jones, Hirwaun; Darnton ac Oliver, Casnewydd; Jenkins, Pontypool; Davies, New Inn; a Bowen, Penydarren. Mae Mr. Morgan yn llafurio yma hyd yn bresenol, ac arwyddion o lwyddiant ar ei lafur.
Mae yr eglwys hon, fel pob un o'r eglwysi ar gyffiniau y Cymry a'r Saeson, wedi dyoddef mesur mawr o anfantais oddiwrth felldith Babel cymysgedd ieithoedd, er's mwy na deng mlynedd ar hugain. Mae y gwasanaeth yn awr yn cael ei ddwyn yn mlaen agos, os nad yn gyfan gwbl, yn yr iaith Saesonaeg.
Ni fu eglwys Penywaun ar unrhyw gyfnod o'i hanes yn lluosog iawn. Os bu rhif yr aelodau ar rai adegau yn gant, ni buont un amser uwchlaw hyny; ac wedi cychwyniad yr achos yn Elim, a ffurfiad eglwys Annibynol yn Nghwmbran, cyfyngwyd yn fawr ar derfynau yr achos yn Mhenywaun. Etto, gan fod poblogaeth yr ardal wedi lluosogi yn ddirfawr yn y pum' mlynedd ar hugain diweddaf, a'u bod yn debyg o luosogi yn fawr etto mewn blynyddau dyfodol, mae yma ddigon o faes i bob un o'r tri achos; ac y mae y rhwystr a barai gwrthdarawiad y ddwy iaith agos wedi llwyr ddiflanu, trwy fod yr iaith Saesonaeg bellach wedi myned yn unig iaith yr ardal. Hyderwn y bydd undeb mewnol yn ffynu yu mhob un o'r eglwysi yn yr ardal hon, ac y cydweithredant yn egniol nes ennill yr holl wlad at y Gwaredwr.
Cyfodwyd y personau canlynol i bregethu yn yr eglwys hon:
