yr Eglwys wrth wneyd hyny." Dywedodd y geiriau hyn gyda theimlad dwys a dagrau, a dywedir i'w ddull difrifol effeithio cymaint ar yr esgob nes iddo yntau wylo. Gollyngodd ei Arglwyddiaeth ef ymaith gan ddweyd yn dyner wrtho Dos ac na phecha mwyach." Ond parhau i fyned rhagddo yn yr un dull a wnaeth ef, er yn wyneb llawer o erlid a gwrthwynebiad, nes i'r archerlidiwr hwnw, Dr. William Laud, gael ei wneyd yn Archesgob Canterbury, yna darfu am i unrhyw buritan selog mewn un cwr o Loegr na Chymru gael dim llonyddwch mwyach. Cafodd Mr. Wroth, yn mysg ereill, ei wysio yn y flwyddyn 1633 i'r llys a elwid The Court of High Commission. Bu ei achos ger bron y llys hwnw hyd y flwyddyn 1638, pryd y cafodd ei droi allan o'i fywoliaeth. Yn fuan ar ol ei droad allan casglodd ei ddysgyblion at eu gilydd a ffurfiodd hwy yn eglwys Annibynol. Ar yr achlysur o gorpholiad yr eglwys cynnaliwyd cyfarfod neillduol yn mis Tachwedd 1639. Cafodd y Parch. Henry Jessey, y pryd hwnw gweinidog yr hen eglwys Annibynol yn Southwark, Llundain, ei anfon i lawr i weinyddu gyda Mr. Wroth ac eraill ar gorpholiad yr eglwys. Cyfeirir at yr amgylchiad yn hanes bywyd Mr. Jessey fel hyn: "Yn mis Tachwedd 1639, efe a anfonwyd i Gymru gan ei gynnulleidfa i gynnorthwyo yr oedranus Mr. Wroth, Mr. Cradock, ac eraill, yn nghorpholiad yr eglwys yn Llanfaches, yn Neheudir Cymru, yr hon eglwys wedi hyny, a fu fel Antiochia yn fameglwys yn y wlad baganaidd hono. Yr oedd yn nodedig am ei swyddwyr, ei haelodau, ei threfn, a'i doniau."
Mae yn ymddangos fod Mr. William Erbery, Mr. Walter Cradock, Mr. Henry Walter, Mr. David Walter, Mr. Ambros Mostyn, Mr. Richard Symmonds, a rhai eraill, y rhai oeddynt eisoes naill ai yn offeiriaid urddedig, neu yn parotoi ar gyfer y weinidogaeth, yn aelodau o'r eglwys hon ar ei ffurfiad cyntaf. Yr oedd llawer iawn o bersonau, a ddychwelasid dan weinidogaeth Mr. Wroth yn y blynyddoedd blaenorol, yn wasgaredig ar hyd siroedd Mynwy, Morganwg, Brycheiniog, a Maesyfed, a rhai siroedd eraill, ac y mae yn ddiamheu i'r rhan fwyaf o honynt uno â'r eglwys; ond o herwydd pellder y ffordd nis gallasai llawer o honynt fod yn bresenol yn y cyfarfodydd yn Llanfaches ond anfynych, gan hyny yr ydym yn cael fod canghenau o'r fam-eglwys hon wedi cael eu ffurfio yn eglwysi yn Mynyddislwyn, Caerdydd, Abertawy, ac yn rhywle yn sir Faesyfed, cyn pen dwy flynedd ar ol ffurfiad y fam-eglwys. Gan na oddefai y cyfreithiau i'r Ymneillduwyr addoli yn gyhoeddus yr amser hwn, nid ymddengys i'r aelodau oll allu cyfarfod yn yr un lle unrhyw bryd yn amser Mr. Wroth. Y tebygolrwydd yw mai cyfarfod yn ddirgel yr oeddynt mewn anedd-dai yn y gwahanol ardaloedd lle y byddai niferi o'r aelodau yn cyfaneddu, ac y byddai Mr. Wroth a'i gynnorthwywyr yn ymweled â hwynt yn eu tro. Cynnorthwyid Mr. Wroth yn y weinidogaeth gan y gweinidogion ieuaingc a enwasom, ond yn benaf gan Mr. Walter Cradock, yr hwn a ddewiswyd yn ganlyniedydd i Mr. Wroth ar ei farwolaeth yn nechreu y flwyddyn 1642.
Yn fuan ar ol marwolaeth Mr. Wroth, torodd y rhyfel cartrefol allan rhwng y brenin a'r Senedd. Ar ddechreu y rhyfel cyfarfu y gweinidogion a llawer o aelodau yr eglwys, yn Llanfaches, er ymgynghori pa fodd i wneyd yn yr adeg gythryblus ac enbyd hono. Barnwyd mai gwell fuasai i'r gweinidogion, a'r rhan amlaf o'r gwrywaid ieuainc a chanol oed, ffoi yn y nos i Gaerodor—yr hon ddinas oedd yn meddiant plaid y Senedd— rhag iddynt gael eu lladd neu gael eu gorfodi i fyned i fyddin y brenin,