a dull tarawiadol Mr. Thomas o bregethu yn ei wneyd yn nodedig o gyfaddas i fod yn weinidog yn y lle ar y fath dymor. Yn mhen ychydig o flynyddau ar ol ei sefydliad ef yno, dechreuodd terfynau yr achos helaethu yn fawr. Aeth rhai o'r aelodau i weithio i Ferthyr, Rhymni, Tredegar, Cendl, a Nantyglo, a buont yn foddion mewn cysylltiad âg aelodau o eglwysi eraill i ddechreu achosion yn mhob un o'r lleoedd hyn, a bu Mr. Thomas, eu gweinidog, yn un o'r rhai mwyaf llafurus yn sefydliad yr eglwysi yn y gwahanol ardaloedd hyn. Rai blynyddau cyn ei farwolaeth ef cafodd eglwysi eu corpholi yn Mhontaberpengam a Maesycwmwr, a chapeli bychain eu hadeiladu ar Dontyrbel a Chefnycrib, ac yn 1829 ail adeiladwyd capel Penmain, ac yr oedd, pan adeiladwyd ef ddeugain mlynedd yn ol, yn un o'r capeli mwyaf a harddaf yn y Dywysogaeth. Er fod lluaws o'r aelodau wedi ymwasgaru i wahanol ardaloedd, a chapeli wedi cael eu hadeiladu gan wahanol enwadau agos yn mhob pentref trwy yr holl gymydogaeth, etto ni bu eglwys Penmain mewn un cyfnod o'i hanes mor luosog a blodeuog ag yr oedd yn y deng mlynedd diweddaf o weinidogaeth Mr. Thomas. Gwelsom y capel mawr ragor nag unwaith yn orlawn o gymunwyr ar y Suliau cymundeb, ac yn orlawn o wrandawyr yn gyson. Pan oedd iechyd Mr. Thomas wedi gwaelu i'r fath raddau fel nas gallasai gyflawni ei weinidogaeth, edrychodd yr eglwys allan am gynnorthwywr iddo, a rhoddasant alwad i Mr. John Jones, Llanidloes, yr hwn a ymsefydlodd yno yn Mehefin, 1835. Am ychydig amser cyffrodd dull bywiog Mr. Jones o bregethu sylw yr holl ardal, ac ychwanegwyd llawer at yr eglwys, ond yn fuan ar ol claddu Mr. Thomas, dechreuodd pethau fyned yn annymunol yno, a therfynodd yr annymunoldeb mewn rhwygiad. Aeth Mr. Jones a'r rhai a'i pleidiant i addoli i anedd-dy yn y gymydogaeth, ac yn mhen ychydig amser adeiladasant gapel mewn man hynod o annghyfleus, o fewn hanner milldir i hen gapel Penmain. Ni bu Mr. Jones yn hir yno; symudodd yn fuan i'r Casnewydd, ac oddiyno i Loegr.
Bu eglwys Penmain o'i sefydliad yn 1639 hyd 1839, yn unol a heddychol, ac am 127 o flynyddoedd dan ofal tri o weinidogion yn olynol, Mr. D. Williams, am 49 o flynyddau, Mr. P. Dafydd am ugain mlynedd yn gydweinidog a Mr. Williams, ac wedi hyny yr unig weinidog am 28 o flynyddau, a Mr. Thomas am 50 mlynedd. Ni byddai rhoddi hanes manwl o'r rhwygiad yn amser Mr. Jones o un budd i neb. Digon yw crybwyll iddo gael ei achosi gan ddiffyg synwyr cyffredin o du y gweinidog, a mesur o fyrbwylldra ac ystyfnigrwydd yn ei wrthwynebwyr. Darfu i'r rhwygiad hwn, corpholiad eglwysi gwahanedig oddiwrth y fam eglwys yn Tontyrbel a Chefnycrib, yn nghyd a dadfeiliad y gweithiau glo yn y gymydogaeth, effeithio lleihad mawr yn rhif yr aelodau a'r gynnulleidfa
aelodau a'r gynnulleidfa yn Mhenmain; ac y mae yn sicr na welir yno etto y fath gynnulleidfa ag a welwyd cyn yr amgylchiadau anffafriol hyn, oddieithr i'r gweithiau adfywio, ac i ddiwygiad crefyddol, grymusach nag a deimlwyd er's deugain mlynedd, ymweled a'r ardal.
Ar ol yr ymraniad yn 1839, bu yr eglwys heb un gweinidog am bedair blynedd. Yn 1843 derbyniodd Mr. Edward Rees, Bryn Sion, sir Gaerfyrddin, alwad unfrydol, ac ymsefydlodd yno yn Ngwanwyn y flwyddyn hono, ond nid arosodd yno nemawr dros ddwy flynedd. Yn niwedd 1845, symudodd i Lanymddyfri, lle y bu farw yn mis Awst, 1846.
Bu yr eglwys drachefn tua thair blynedd heb weinidog. Yn niwedd y flwyddyn 1848, derbyniodd Mr. Ellis Hughes, Treffynnon, alwad, a'r hon y cydsyniodd, ac
