Cynyddodd yr athrofa yn fuan i'r fath bwysigrwydd fel y bu raid i Mr. Jardine gael is-athraw i'w gynnorthwyo, ac yn 1759, dewiswyd Mr. Benjamin Davies, yr hwn oedd newydd orphen ei amser fel myfyriwr yn athrofa Caerfyrddin, i'r swydd hono.
Ar farwolaeth Mr. Jardine, dewiswyd Mr. (wedi hyny Dr.) Davies yn weinidog yr eglwys, ac yn athraw yr athrofa. Penodwyd ef yn athraw gan y Bwrdd Cynnulleidfaol, Rhagfyr 8fed, 1766, ac urddwyd ef yn weinidog yr eglwys, Medi 30ain, 1767. Ysgrifena Phillip Dafydd, yn ei ddyddlyfr, gyferbyn a'r diwrnod hwnw fel y canlyn: "Heddyw bum yn Abergavenny yn urddiad Mr. Benjamin Davies, ac yr wyf fi yn barnu fod y gwasanaeth yn felus i laweroedd yno. Traddododd Mr. Davies ei gyffes mewn modd effeithiol iawn. Yr wyf fi yn credu ei fod ef yn ddyn difrifol a da, ac y bydd yn fendith fel athraw a gweinidog." Felly y bu. Mwynhaodd yr eglwys dangnefedd, cysur, a gradd helaeth o lwyddiant dan ei weinidogaeth efengylaidd a melus, a chafodd ef yr anrhydedd o addysgu yn yr athrofa rai o weinidogion enwocaf Lloegr a Chymru, megys Dr. Edward Williams, o Rotherham; Dr. Jenkin Lewis, o'r Casnewydd; Mr. William Thomas, Bala; Mr. Thomas Bowen, Castellnedd, &c. Ar ol llafurio yn yr athrofa yn Abergavenny am ddwy flynedd ar hugain, ac yn yr eglwys am bedair blynedd ar ddeg, darfu i Dr. Davies, er mawr dristwch i'w eglwys a galar i'w holl gyfeillion yn Nghymru, gydsynio a chais taer y Bwrdd Cynnulleidfaol i ymgymeryd a'r swydd o athraw arosol a chlasurol, yn ngholeg Homerton, ac yn niwedd y flwyddyn 1781, symudodd o Abergavenny i Lundain. Yn ol ystadegau Mr. Josiah Thompson, yr oedd y gynnulleidfa yma yn 400 o rif, yn 1773.
Ar ol ymadawiad Dr. Davies, bu yr eglwys am ddwy flynedd a hanner heb un gweinidog. Mehefin 17eg, 1784, derbyniodd Mr. J. Griffiths, Caernarfon, alwad, a sefydlodd yn weinidog yno. Yr oedd rhyw ysbryd drwg wedi ymlusgo i mewn i'r eglwys yn awr, fel yr ymranodd yn mhen ychydig gyda dwy flynedd wedi sefydliad Mr. Griffiths yno. Aeth ei gyfeillion allan gyda Mr. Griffiths, a chymerasant ystafell yn y dref at addoli ynddi, a chadwodd ei wrthwynebwyr feddiant o'r capel. Mae achosion a natur yr annghydfod hwn yn gwbl anhysbys i ni, ond yr ydym yn casglu fod yn rhaid fod rhyw ysbryd satanaidd iawn wedi ymlusgo i mewn i'r eglwys, cyn y gallasai fod yno neb yn ddigon drygionus i gyfodi yn erbyn gweinidog o enwogrwydd, duwioldeb, a boneddigeiddrwydd Mr. Griffiths. Bu Mr. Griffiths yn pregethu i'w gyfeillion yn yr ystafell o Medi 1786 hyd ddechreu y flwyddyn 1796, pryd y cydsyniodd a galwad ei hen gyfeillion yn Nghaernarfon, ac y dychwelodd yno. Mae yn debygol i'w bobl yn Abergavenny, ar ol ei ymadawiad, ddychwelyd i'r capel yn Castle Street.
Cawn yr hanes canlynol am yr ymryson hwn yn llyfr yr eglwys:— "Medi 25ain, 1786, cymerodd ymraniad gofidus le yn yr eglwys Ymneillduol yn Castle Street. Am y pedair blynedd dilynol bu yr eglwys heb un gweinidog sefydlog ynddi." Hyn yw yr oll a hysbysiri ni am yr amgylchiad. Dichon y gellir priodoli yr ysbryd ymrysongar a ddaeth i mewn i'r eglwys, i raddau, i'r cyfnewidiad disymwth yr oedd wedi myned trwyddo. Trwy ymadawiad Dr. Davies, symudiad yr athrofa i Groesoswallt, ac amddifadrwydd yr eglwys o weinidog am ddwy flynedd a hanner, taflwyd yr achos o ganol cyffro ac enwogrwydd i radd o ddinodedd a llonyddwch; aeth yn nos bruddaidd arno, ar ol dydd bywiog a llewyrchus; ac felly cafodd y gelyn ddyn gyfle i hau efrau yn y maes.
