yn y Dywysogaeth ddechreu y ganrif ddiweddaf yn 20,007; yr ydym yn foddlawn i Dr. Rees ychwanegu atynt yr eglwysi y dywedir eu bod wedi cael eu gadael allan, ynghyd a'r Crynwyr, fel ag i wneyd y nifer o gwmpas saith-mil-ar- hugain, sef tuag un ran o bymtheg o'r holl boblogaeth. Tueddwn i feddwl fod hyn uwchlaw'r gwirionedd; pa fodd bynag, i'n pwrpas ni nid yw ychydig filoedd mwy neu lai o nemawr pwys; eithr y mae cywirder hanesyddol, a pharch i gymeriad rhai o'r dynion goreu a sangodd ddaear Cymru, o'r pwysigrwydd mwyaf. A dibynai dylanwad yr Ymneillduwyr ar y wlad yn y cyfnod y cyfeiriwn ato, nid yn gymaint ar eu lluosogrwydd, eithr yn hytrach ar grefyddolder, ymroddiad, ac yni eu cymeriad. Yn hyn ofnwn eu bod yn fwy diffygiol nag mewn rhifedi.
Yn y cyfnod rhwng dechreuad y deunawfed ganrif a chyfodiad Methodistiaeth, yr oedd nerth Ymneillduaeth yn Nghymru wedi gwanychu yn ddirfawr, herwydd dadleuon blinion yn yr eglwysi. Yn y cynulleidfaoedd Ymneillduol cyntaf ceid Annibynwyr a Henaduriaethwyr, Trochwyr a Bedyddwyr babanod, yn aelodau o'r un eglwys. Am beth amser ni roddid cymaint o bwys ar y gwahaniaethau hyn; y pwnc mawr oedd cael pregethiad o wirioneddau hanfodol yr efengyl yn eu purdeb; a thueddai yr erledigaeth greulawn a ddioddefid i uno pob cynulleidfa, er y gwahaniaeth barn a allai fodoli rhwng gwahanol bersonau. Ond gwedi pasio Deddf Goddefiad yn y flwyddyn 1689, ac i'r erledigaeth mewn canlyniad beidio i raddau mawr, dechreuwyd rhoddi mwy o bwys ar y materion mewn dadl, a daeth anghysur dirfawr i mewn i'r eglwysi mewn canlyniad.
Un oedd y ddadl rhwng yr Henaduriaethwyr a'r Annibynwyr parthed ffurf— lywodraeth eglwysig. Diau i hon achosi cryn derfysg yn yr eglwysi, ac mewn dwy o leiaf bu yn achos ymraniad. Efallai mai yr eglwys Ymneullduol lliosocaf a mwyaf ei dylanwad yn Nghymru, tua diwedd yr ail-ganrif-ar-bymtheg, oedd eglwys Gwrecsam. Sylfaenesid hi gan Walter Cradoc; buasai yr enwog Morgan Llwyd o Wynedd yn gweinidogaethu yma am dymhor, a hyny gyda chryn llwyddiant. Ond darfu i'r ddadl rhwng Dr. Daniel Williams, yr hwn oedd yn enedigol o'r lle, a Dr. Crisp, parthed ffurf lywodraeth eglwysig, aflonyddu ar ei heddwch; a'r diwedd a fu, gwedi blynydd oedd o ymrafaelio blin, yn gynulleidfaol a thrwy y wasg, i'r Henaduriaethwyr ymadael a sefydlu achos perthynol iddynt eu hunain. Yn raddol hefyd newidiodd yr aelodau a Adawsid ar ol eu barn gyda golwg ar fedydd, ac aethant yn Fedyddwyr. Cymerodd dadl flin le ynglyn a'r un mater yn eglwys Henllan, Sir Gaerfyrddin. Tueddai y gweinidog, y Parch. David Owen, ynghyd a mwyafrif yr aelodau, at Henaduriaeth, ond yr oedd y diaconiaid yn gryf o blaid Annibyniaeth. Parhaodd y ddadl o 1707 hyd 1710; gwnaed appeliadau mynych at y cymanfaoedd ac at y gwahanol weinidogion i geisio cyfryngu rhwng y pleidiau; ond bu pob ymgais yn ofer; ac yn y flwyddyn 1710, ymadawodd y Cynulleidfaolwyr, a ffurfiasant eglwys Annibynol yn Rhydyceisiaid. Yn mhen rhywbeth gyda deng mlynedd, newidiodd yr Henaduriaethwyr yn Henllan eu barn; anfonasant y Parch. Jeremiah Owen, y gweinidog, i ffwrdd, gan ordeinio Mr. Henry Palmer, un o'r diaconiaid a fuasai yn dadleu o blaid y ffurf-lywodraeth Annibynol, yn weinidog yn ei le. Er mai yn y ddwy eglwys a nodwyd yn unig, mor bell ag y gwyddom, y darfu i'r ddadl hon gyrhaedd eithafion mor fawr nes peri ymraniad, y mae yn bur sicr ddarfod i'r un pwnc fod yn destun ymrafael a blinder mewn llawer o eglwysi eraill.
Dadl arall a gariwyd yn mlaen mewn ysbryd tra annghristionogol oedd y ddadl ar fedydd. Cychwynodd tua diwedd yr eilfed-ganrif-ar-bymtheg yn fuan gwedi pasio Deddf Goddefiad. Cawn hanes dadl gyhoeddus yn cymeryd lle ar y mater yn y flwyddyn 1692, mewn lle o'r enw Penylan, ar lechwedd y Frenni Fawr, yn Sir Benfro. Yno pregethai y Parch. John Thomas, Llwynygrawys, o blaid bedydd babanod; a'r Parch. Jenkin Jones, Rhydwilim, o blaid bedydd y crediniol. Yn hytrach na therfynu yr ymryson, gwasanaethodd hyn i fywhau y cyffro; cafodd y ddadl ei pharhau trwy y wasg mewn yspryd chwerw; daeth yr enwog Samuel Jones, Brynllywarch, allan o blaid yr Annibynwyr; tra y bu raid i'r Bedyddwyr anfon am gymorth i Loegr, Y canlyniad oedd ymraniad llwyr; ymwahanodd y ddwy blaid, gan sefydlu eglwysi o'r un golygiadau a hwy eu hunain. Ond gellir bod yn sicr na chymerodd hyn le heb gyffroadau poenus yn y gwahanol gynulleidfaoedd, yr hyn a fu yn wanychdod dirfawr iddynt, ac yn achos o ddirywiad mawr ar grefydd.
Ond o'r holl ddadleuon, yr un a barodd
